De reden waarom het anders is wordt nooit echt gezegd, maar we kunnen wel afleiden waarom.
Ten eerste zijn er drie verschillende ogen in Naruto. Van de zwakste tot de sterkste zijn dat Byakugan, Sharingan en Rinnegan. De byakugan blijft dus voor altijd een byakugan, maar kan veranderen in een Tensaigan (ik weet niet meer hoe, maar dat maakt niet uit). Nu voor de belangrijkste Rinnegan en Sharingan, Sharingan kan evolueren naar Rinnegan. Daarvoor zijn echter 3 dingen nodig: een volledig ontwikkelde Sharingan, 3 Tomoe Mangekyou, dan eeuwig.
Dus wat de Rinnegan is, is in principe een mix van een Sharingan en zijn eigen eigenschappen, maar het Sharingan aspect is alleen bruikbaar voor Uchihas. Daarom kan Nagato de Sharingan effecten niet gebruiken, maar Sasuke en Madara wel.
Nu waarom Sasuke er anders uitziet, nam Madara Hashirama’s Senju chakra en combineerde het met het zijne waardoor de Sharingan evolueerde, wat een soort van de enige manier is om een Sharingan te laten evolueren en Sasuke doet iets gelijkaardigs, behalve dat de salie van de zesde paden Sasuke de helft van zijn chakra geeft, wat veel meer is dan Hashirama’s. Zo lijken zijn ogen bijna te veranderen in een Rinne Sharingan. Ook is de reden dat hun capaciteiten anders zijn, omdat Rinnegans zo werken als Mangekyou Sharingans dat ook doen.