Kakashi’s eerste bekende gebruik van de Mangekyo Sharigan was tegen Deidara. Maar ik denk dat uw vraag echt is waarom hij het niet eerder heeft gebruikt. Er kunnen een aantal redenen zijn waarom hij het niet gebruikte of niet eerder werd getoond.
Kakashi maakte de Mangekyo Sharingan wakker toen Rin werd gedood. Hij hield zich dus niet aan zijn belofte aan Obito. Dit was dus een emotioneel pijnlijk moment voor hem, gebonden aan zowel Rin als Obito. Misschien wilde hij het niet meer gebruiken om die emoties te vermijden.
Zoals vermeld in het antwoord van lexter, is een andere reden dat hij als niet-Uchiha gewoonweg niet genoeg uithoudingsvermogen had om het effectief te gebruiken in de strijd. Zelfs na timeskip kon hij het maar twee keer per dag gebruiken, en moest hij een week of wat rusten nadat hij het had gebruikt. Voor timeskip had hij de leiding over de studenten op genin-niveau, en hij kon niet het risico nemen om knock-out te gaan en zijn studenten in gevaar te brengen.
Ook, voor de timeskip, kreeg hij gewoonweg niet de kans om te vechten tegen schurken tegen wie hij gedwongen werd om het te gebruiken. Hij vocht alleen tegen Zabuza en Haku tijdens de Land of Waves-boog, en tegen de naamloze shinobi van Sand Village en Sound Village tijdens de Invasie van Konoha-boog. Als Orochimaru tegen hem zou vechten, zou Kakashi waarschijnlijk worden geduwd om het te gebruiken, maar Orochimaru vocht met de Third Hokage.
Verliezen aan Uchiha Itachi kan Kakashi gemakkelijk hebben gedwongen om het gebruik ervan te overwegen, vanwege de gebruikelijke shounen/Naruto logica van “Als ik mijn nakama wil beschermen, moet ik sterker worden.”
Er kunnen ook een paar auteurskwesties zijn waarom Kakashi niet eerder kon worden getoond met behulp van het gebruik ervan. Sasuke was in die tijd een hoofdrolspeler, en zijn belangrijkste doel in het leven was om Itachi te doden. Daarom was het nodig om Itachi te introduceren als een superkrachtige villiaan. Door ervoor te zorgen dat Mangekyo Sharingan voor het eerst wordt genoemd wanneer Itachi wordt geïntroduceerd, zou de perceptie van het publiek over hoe sterk en kwaad Itachi is, worden gemaximaliseerd.
De andere reden is dat Kakashi de Mangekyo Sharingan al had gewekt toen de serie begon, en van plan was een alternatieve verklaring te geven voor hoe hij de serie tijdens de timeskip-periode had gewekt. Echter, toen hij de hangende draden begon aan te pakken terwijl hij het verhaal afrondde, besloot hij het in Obito’s achtergrondverhaal op te nemen.