Chronologisch gezien komt Railgun op de eerste plaats. Dan komen in het midden van Railgun (de Level Upper Arc) de gebeurtenissen en de tijdlijn samen met Index.
In episode 17 van de Railgun anime vermeldt Komoe-sensei bijvoorbeeld hoe ze al haar leerlingen leuk vindt, zelfs degenen die haar dak opblazen, wat waarschijnlijk een verwijzing is naar toen de Index de Drakenadem gebruikte (episode 6 van Index).
De manga geeft een beter referentiekader, omdat het een exacte datum geeft (16 juli). De gebeurtenissen in Railgun beginnen dus 4 dagen voor de indexroman (20 juli), waar Touma voor het eerst de index ontmoet. Touma ontmoet Mikoto aan de vooravond van 19 juli.
Volgens de TV Tropes :
De anime schendt dit echter door de gebeurtenissen uit deel 8 van de romans aan te passen aan de eerste aflevering van de anime. In de huidige vorm komen de hoofdstukken 18 tot en met 39 rond de tijd van deel 3 in de romans voor, hoofdstuk 40 is rond deel 5, hoofdstuk 41-42 en rond deel 8 en hoofdstuk 43-stroom vinden plaats rond deel 9.
